Не путайте РД АС (классификация по 2Б, 1Г и т.п.) и коммерческую тайну в целом...
Все зависит от того, как и зачем решили ввести в действие режим коммерческой тайны и на какие требования владелец оной комм.тайны ориентируется. Поскольку комм.тайна - это чисто его коммерческий актив, постольку конкретику требований и мер он определяет сам...
Исторически, да, комм.тайна "защищается" по СТР-К + РД АС, но комм.тайну, обрабатываемую в информационных системах, можно защищать хоть по 17 Приказу ФСТЭК России (который для ГИС), хоть по собственным выдуманным методологиям - лишь бы оно не имело противоречий и, желательно, присутствовала третья сторона (регулятор, лицензиат, etc), подтверждающая, что принятых концепции, принципов, требований, мер и средств для конкретной ситуации достаточно...
